6세기경 유스티안 황제에 의해 그리스 교회당으로 바뀌게 된 교회는 6개의 돔으로 덮힌 십자 모양의 건물이었다. 당시에는 구하기 힘들었던 돌과 벽돌로 지어져 건축적 측면에서도 의미가 있으며 내부 공간의 열주들은 유시티아누스 황제와 그의 부인을 상징하는 결합문자형태로 놓여 있다. 예배당은 AD 5 세기경에 지어졌고 후에 아라비아의 공격을 막기위해 성벽을 세웠는데 14세기경 터키 족이 침입하면서 예배당은 파괴되었고 같은 시기에 발생했던 큰 지진으로 성 요한 교회는 더 이상 그 역할을 할 수 없게 되었다.