사원은 셀주크 왕조의 가장 오래된 건축물 중 하나로 1374년에서 1375년 사이에 시라아의 건축가인 알리 다미쉬키 Ali Damishki에 의해 지어졌다. 이자 베이 사원은 창문과 문, 돔의 위치 등이 전통적인 이슬람 사원들과는 조금 다른 모습들을 보인다. 그러나 내부로 이어지는 길과 기도실과 같은 내부 공간은 전통적인 사원과 닮은 모습이다. 사원을 건축 할 때 아르테미스 신전 등과 같은 에페스 유적지에서 가져 온 것들이 건축에 사용되기도 했다. 셀주크 양식의 일반적인 건축양식과 장식들을 볼 수 있는 돔은 터키석과 채색 된 도자기로 꾸며졌다. 이자 베이 사원은 현재 두 개의 작은 사원만 사용하고 있으며 다른 모스크는 파괴되거나 보수 되었는데 1934년 새롭게 보수작업을 진행 했었다.